El programa de la edición 2006 de Ikuska, compuesto por las siguientes secciones:

Sección Oficial a Concurso	Trés sesiones en los que se proyectarán los trabajos seleccionados a concurso por su calidad, originalidad y temática.
Femenino Plural	Proyección dedicada al mundo de la mujer, formada por varios trabajos en los que se muestran y analizan los problemas sociales a los que se enfrenta una mujer hoy en día.
Gau Guasa	Como su propio nombre indica, en esta sesión se proyectarán los cortos más rebeldes, ironicos y graciósos que se han recibido. La sonrisa está, por supuesto, más que asegurada.
En otros lugares, en otras lenguas	Trabajos llegados desde más alla de nuestras fronteras, analizan y muestran temas dispares, ofreciendo a los espectadores la posibilidad de ver el mundo con otros ojos.
Una de miedo	Sesión tradicional donde las haya y de gran éxito en los últimos años, proyectaremos los cortos más tenebrosos para los fieles más fieles de sustos y sobresaltos.